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# MS-Windows free な環境までもう一歩
# 残るは ChemDraw & Chem3D (と free cell (^_^)? )
あなたは人目(1998-02-01から)
分子量・元素分析値計算プログラム ``xmolwt''
分子量や元素分析値の計算は、化学のもっとも基本的な要素で、
化学を勉強して一番始めに習うことといえるかもしれません。
しかしそのためのコンピュータプログラムは以外に少なく、
Unix で使えるものはあいにく見つかりませんでした。
そこで GUI をそなえたものを作ってしまいました。
Z-matrix Editor ``KUMI''をお試しください
例えば分子軌道計算プログラム Gaussian94 などの様な、
多くの分子科学に関するプログラムを利用する場合に、
データとして分子の構造を入力しなければならない。
しかし構造を内部座標で表現する Z-matrix の形式で
分子を組み立てた場合に、
研究者が意図した構造を表現できているのかどうか、
慣れないとわかりにくい場合も多い。
そこで、
入力した Z-matrix に基づいて構造を表示しつつ
分子を組み立てることができるようにした、
Z-matrix Editor ``KUMI'' を作成した。
メディアラボさんの「Linux Science-Pack Vol. 1」に収録されました。(2001-06-25)
もちろんプログラミング環境もそろっているので、 Fortran や C でプログラムを作っています。 X11 標準の Athena Widget や Tcl/Tk を用いたり、または、 Moo-Tiff といった有料の OSF/Motif (互換)ライブラリもあって、 X Window System での GUI プログラムの作成も可能です。 おお, そういえば, 少し前から (ある条件下で) Motif がフリーに 使えるようになったね。Open Motif とか言ってたっけ。 (2000-11-24)
種々の文書は。LaTeX (ASCII pLaTeX2e) で作ってます。 PS形式の図形・画像データを張り付ければ、 授業のプリント・学会の講演要旨原稿・論文原稿などを きれいに作ることができます。 科研費の申請書のスタイルファイルもネットワーク上で公開されているので、 きれいに作れます。#採択されないのは、内容が悪い...f(^_^;)
`FreeBSD'を冠した書籍のリスト
最近の PC-UNIX の流行を受けて、関連書籍が多数出版されるようになりました。
そこでここではタイトルに `FreeBSD' を含む書籍をまとめてみました。
また、各書籍に対してのコメントを記入できるようにしました。
GoodBooks for FreeBSD/Unix - GoodBooks Project -
おすすめの本を紹介しよう。こんなプロジェクトを手伝っています。
おまけ
ttyd0 "/usr/libexec/getty std.9600" vt100 on secureなどとしておけば、クロスケーブルでつないだ他のパソコンが端末になる。 パソコンにはいわゆる通信ソフト (Terminal エミュレータ) をいれておく。
これでコンソールが凍り付いてもオッケーです。
ERROR: Unable to connect to port /dev/cuaa0そうきたか
% ls -l /dev/cuaa0 crw-rw---- 1 uucp dialer 28, 128 May 18 12:41 /dev/cuaa0なるほど。これならどうだっ
% sudo chmod o+rw /dev/cuaa? % ll /dev/cuaa* crw-rw-rw- 1 uucp dialer 28, 128 May 18 12:41 /dev/cuaa0 crw-rw-rw- 1 uucp dialer 28, 129 May 18 12:41 /dev/cuaa1 crw-rw-rw- 1 uucp dialer 28, 130 May 18 12:41 /dev/cuaa2 crw-rw-rw- 1 uucp dialer 28, 131 May 18 12:41 /dev/cuaa3 %gphotoおおっ ! すばらしい。
パソコンリンクケーブルで (sio0|sio1) に繋いで、
qvplay と qvplaytk で画像データをコンピュータへ転送。
たとえばこっち。
重要な注意点は、使っている I/O ポートにあわせて (sio0|sio1)
ソースの該当個所を修正しなければいけないことである。
----- ----- ここから
Q.
FreeBSD で 640MB の MO を使いたい。
A.
SCSI 接続の MO ドライブならば, 4.x 系のシステムにおいては da(4) ドライバで
対応しているので, 基本的には **標準のシステム** で利用可能です。(*1)
しかし 640MB の MO はセクタサイズが 512 バイトでなく2048 バイトなので,
少し注意が必要です。以下では 640MB MO を ufs で用いるとし, また da0 が
MO ドライブであるとして説明します。
新しく用意したメディアには, ディスクラベルしなければいけません。
[管理番号 680] の A2, A3 を参考にします。(*2)
まず A2 では bs=2048 が無いとエラーになって書き込みできないことに注意して
ください。(*3)
root# dd if=/dev/zero of=/dev/da0 count=10
dd: /dev/da0: Invalid argument
1+0 records in
0+0 records out
0 bytes transferred in 0.000652 secs (0 bytes/sec)
また A3 で「最小限のパーティション設定」というのは, c だけが存在する
という意味です。a パーティションが必要ならば, disklabel -e で編集するか,
/etc/disktab に 640MB MO 用のエントリを用意しておいて, auto の代わりに
ちゃんとそれを用いることです。/etc/disktab のエントリは, od-driver の
パッチキットに含まれているものを使いました。([管理番号 22] 参照)
例えば,
root# disklabel -r -w da0 auto
user% disklabel -r da0 | tail -2
# size offset fstype [fsize bsize bps/cpg]
c: 310352 0 unused 0 0 # (Cyl. 0 - 151*)
これに対して,
root# disklabel -r -w da0 mo640
user% disklabel -r da0 | tail -3
# size offset fstype [fsize bsize bps/cpg]
a: 310352 0 4.2BSD 2048 8192 0 # (Cyl. 0 - 151*)
c: 310352 0 unused 0 0 # (Cyl. 0 - 151*)
の様になります。
次に newfs でファイルシステムを構築します。(参考 [管理番号 575])
root> newfs da0a (*4)
Warning: Block size restricts cylinders per group to 10.
Warning: 3776 sector(s) in last cylinder unallocated
/dev/da0a: 1241408 sectors in 76 cylinders of 1 tracks, 16384 sectors
606.2MB in 8 cyl groups (10 c/g, 80.00MB/g, 9600 i/g)
super-block backups (for fsck -b #) at:
32, 163872, 327712, 491552, 655392, 819232, 983072, 1146912
Warning が二つ出ました。一つ目は, すぐ上の disklabel -r の結果において
a パーティションの bps/cpg が 0 になっているためです。newfs 後にもう一度
disklabel -r すると, ここが 10 になっています。二つ目は, セクタをグループ化
したときに端数が出てしまったという意味です。この 8 MB 弱は利用できない
ことになります。まあ 8/640 なので良しとしましょう。
これで 640MB MO のメディアの準備ができましたので, mount して利用できます。
(*1) MO を利用するにあたっての従来のキーワードである od-driver は,
いくつかのコマンドやカーネルに対するパッチです。4.x のシステムでは,
MO を利用する場合には, これを組み込む必要性が薄れています。現在での MO に
とっての od-driver の有効性は,
- da(4) の代わりに od(4) でアクセスできるので, ハードディスクと間違わない
- removable メディアに配慮しているので, ライトプロテクトした MO を
うっかり -rw で mount してもシステムがハングアップしない
などです。DVD 等に対する有用性についてはここでは触れません。
(*2) メーリングリスト [FreeBSD-users-jp 53060] では, disklabel & newfs の
二段階だけではなくて, newfs の一段階で (disklabel も同時に書き込む) 方法も
同時に紹介されています。それに従えば,
root# newfs da0c mo640
Warning: Block size restricts cylinders per group to 10.
Warning: 3776 sector(s) in last cylinder unallocated
/dev/da0c: 1241408 sectors in 76 cylinders of 1 tracks, 16384 sectors
606.2MB in 8 cyl groups (10 c/g, 80.00MB/g, 9600 i/g)
super-block backups (for fsck -b #) at:
32, 163872, 327712, 491552, 655392, 819232, 983072, 1146912
によりファイルシステムは構築されます。しかし disklabel は正しく書き込まれて
いません。
user% disklabel -r da0 | tail -3
disklabel: bad pack magic number (label is damaged, or pack is unlabeled)
またこの方法では, /etc/disktab の 640MB MO 用エントリが必須です。
root# newfs da0c auto
newfs: auto: unknown disk type
(*3) 230MB のメディアだと, bs の指定なしでも書き込めます。
(*4) ここでは a パーティションに対して newfs しました。当然ですが disklabel に
より作成されているパーティションにしか, newfs できません。/etc/disktab の
640MB MO のエントリを使わずに auto で disklabel した場合には, c パーティション
が存在するのみですから, `newfs da0c' でなければいけません。
----- ----- ここまで
mount /dev/od0 /mnt/odなどとします。amd でも使えます。
こちら
http://www.mostang.com/sane/
を参照してください。
一時的に FreeBSD からの利用ができない状態でしたが,
いろいろ設定をいじって復活しました !
device pass0
pass0 at ncr0 bus 0 target 3 lun 0 pass0: <EPSON SCANNER GT-5000 1.07> Fixed Processor SCSI-CCS device pass0: 3.300MB/s transfers
# ./MAKEDEV pass0 # chmod 666 pass0 # ln -s pass0 scanner
% scanimage -L device `pnm:0' is a Noname PNM file reader virtual device device `pnm:1' is a Noname PNM file reader virtual device
% scanimage -L device `pnm:0' is a Noname PNM file reader virtual device device `pnm:1' is a Noname PNM file reader virtual device device `net:localhost:pnm:0' is a Noname PNM file reader virtual device device `net:localhost:pnm:1' is a Noname PNM file reader virtual device device `net:localhost:epson:/dev/pass0' is a Epson GT-5000 flatbed scanner
#chmod a+rw /dev/xpt0 %ls -l /dev/xpt0 crw-rw-rw- 1 root operator 104, 0 May 18 1999 /dev/xpt0 %scanimage -L device `pnm:0' is a Noname PNM file reader virtual device device `pnm:1' is a Noname PNM file reader virtual device device `epson:/dev/pass0' is a Epson GT-5000 flatbed scannerおぉっ ! やったぞ。 これで /etc/inetd.conf や /etc/services から sane の項目を削ることが できる。よけいな daemon 君の手を借りなくても良くなった。
パーミッション関係もきちんとしておこう。 camscsi グループを作成してっと。
#chgrp camscsi /dev/pass0 /dev/xpt0
#chmod 660 /dev/pass0 /dev/xpt0
%ls -l /dev/pass0 /dev/xpt0
crw-rw---- 1 root camscsi 31, 0 May 18 1999 /dev/pass0
crw-rw---- 1 root camscsi 104, 0 May 18 1999 /dev/xpt0
#chgrp camscsi /usr/local/bin/{scanimage,xscanimage}
#chmod g+s /usr/local/bin/{scanimage,xscanimage}
%ls -lF /usr/local/bin/{scanimage,xscanimage}
-r-xr-sr-x 1 root camscsi 17256 May 12 1999 /usr/local/bin/scanimage*
-r-xr-sr-x 1 root camscsi 68765 May 12 1999 /usr/local/bin/xscanimage*
(2000-03-22 記)
snd_sb16_load="YES"などと書く。(2002-01-10 記)
# Sound devices controller snd0 device sb0 at isa? port 0x220 irq 5 conflicts drq 1 vector sbintr device sbxvi0 at isa? drq 5 device sbmidi0 at isa? port 0x330問題があるとすれば, ISA-PnP の時の設定だが, どうしても困ったら DOS のユーティリティで PnP をオフにするという逃げもある。
device pcm0結局, これだけでオッケーだった。こんな案配。
pcm0: <Yamaha DS-1E (YMF724F)> mem 0xea000000-0xea007fff irq 9 at device 18.0 on pci0なんだ, 簡単じゃん。
(2000-11-24 記す)